Pustara, a kasnije i salaško naselje istočno od Sombora, pominje se još u turskim popisima u drugoj polovini 16. veka, kada su sa ovim imenom, u široj okolini Sombora, zabeležena naselja Srednje, Male i Gornje Šaponje, koja su imala svega po nekoliko kuća. Pustara se pominje i 1643. godine, a početkom poslednje decenije 17. veka pustara Saponÿa zapisana je kao komorski posed. Od 1702. g. Šaponje su jedna od pustara u posedu somborskih graničara, a 1749. g. ova pustara pripala je posedima slobodnog i kraljevskog grada Sombora.
U opisu koji je 1746. g. načinio upravnik komorskih dobara baron Redl, zapisano je da godišnji prihod sa ove pustare iznosi 509 forinti i 45 krajcara, a njena ukupna vrednost procenjena je na 10.195 forinti. Šaponje su ucrtane na svim najstarijim mapama somborskog atara (1746, 1783. i 1825).
Prvi popis vlasnika imanja u ataru Šaponja beleži 1746. g. domaćine sa prezimenima Bogdanović, Čičovački, Grujić, Jovandić, Plavšić, Stanivukov, Stričević, Šijak, Štrbić, Vlaškalić i Vrsajkov[ić], a ubrzo će ovde biti zabeležene i porodice Beljanski, Buzadžić, Godečevac, Kolarić, Pačirski, Pelagić- Radanov, Šašić i Šivoljac, a nešto kasnije i jedna grana Konjovića.
Atar Šaponja se 1763. g. prostirao na 2.052 stara jutra, a salaši koji su ovde postojali nisu bili ušoreni. Somborski gradski geometar Petar Aradski sačinio je 1833. g. detaljnu katastarsku mapu salaša Šaponja i Ivanovo Selo ili Lenija (Planum Geometricum Praedii Schaponya et Ivanovo Szello), veličine 131 x 74 cm. Na mapi je naznačeno da ova dva salaška naselja imaju ukupno 4.151 staro jutro i 1.284 hvata zemlje, od čega je građanima Sombora i stanovnicima salaša pripadalo 3.831 jutro i 1.619 hvati, gradska bara Grobljanica zahvatala je površinu od 18 jutara i 1.012 hvati, Krstina bara od 15 jutara i 1.652 hvata, bara Tomašlija se prostirala na površini od 41 jutra i 683 hvata, bara Šetrovača na 37 jutara i 446 hvati, a Mostonga je zauzimala 15 jutara i 118 hvati. Prazno gradsko zemljište zahvatalo je četiri jutra i 1.653 hvata, somborskoj Svetođurđevskoj crkvi pripadalo je četiri jutra i 715 hvati, gradski pašnjaci prostirali su se na 174 jutra i 1.575 hvati, a put za Čonoplju zahvatao je 7 jutara i 1.838 hvati.
Na popisu vlasnika ovaca iz 1835. g. u Šaponjama su zabeleženi domaćini: Petar Kolarić (vlasnik 12 ovaca), Jovan Kolarić (šest ovaca), Filip Žižić (30 ovaca), Vasa Žižić (15 ovaca), Đorđe Žižić (pet ovaca), Đuka Stričević (30 ovaca), Marko Stričević (17 ovaca), Nića Stričević (15 ovaca), Sima Plavšić (30 ovaca), Proka Vrsajković (30 ovaca), Đuka Vrsajković (dve ovce), Aksa Vrsajković (30 ovaca), Kata Stanivukov (20 ovaca), Avram Stanivukov (20 ovaca), Todor Čičovac (120 ovaca), Mihailo Krajnjak (280 ovaca), Maksim Pelagić (200 ovaca), Petar Pelagić (110 ovaca), Sima Pelagić (50 ovaca) i Jovan Pelagić (šest ovaca).
U Šaponjama je, na popisu iz 1849. godine, zabeleženo 56 srpskih domaćinstava (po deset kuća Plavšića i Vrsajkovih, po sedam kuća Stričevića i Žižića, šest kuća Radanovih, odnosno Pelagića, četiri kuće Čičovačkih, po dve kuće Đuroševa, Kolarića, Pačirskih i Stanivukovih i po jedna kuća Đolinih, Beljanskih, Glibonjskih i Tubinih (Đolin i Tubin su porodični nadimci).
Zemlja u šaponjskom ataru bila je podvodna (to se navodi i u izveštaju iz 1861), a Šaponje su bile okružene velikim barama u kojima su, prema pričama, salašari u ranijim vremenima i golim rukama lovili krupne šarane. Prokopavanjem melioracionih kanala, između 1916. i 1918. godine, vode kraj salaša su oticale, a na njihovom mestu ostajale su slatinaste livade po kojima su Šaponjčani napasali stada.
Škola u Šaponjama je, posle pola veka neuspelih pokušaja, otvorena 1910. godine, a kapelicu „Šaponjska vodica“ (mada nadomak salaša Milčića), oko koje se narod okupljao o Spasovdanu, podigao je još 1858. g. imućni somborski trgovac Samuilo Živanović.
Krajem 19. i početkom 20. veka u ataru Šaponja salaše su podigle i porodice Paštrović (jedna od retkih bunjevačkih porodica koja je proizvodila pravi somborski sir od ovčijeg mleka), Bošnjak, Dujmović, Dušanić, Ferenčević, Firanj, Jelačić, Knezi, Mandić, Odri, Palić, Pavlović, Pejić, Radojević, Sečujski, Stojačić, Terzić i Žuljević.
Prema popisu iz 1991. godine, u Šaponjama je bilo još svega 28 salaša (pet godina ranije ovde su bila 74 domaćinstva).
Milan Stepanović
