Nekadašnje srednjovekovno naselje Coborsentmihalj Turci su osvojili 1541. godine, kada su zauzeli celokupan prostor tadašnje južne i srednje Ugarske i pripojili ga državnoj teritoriji tadašnje Turske carevine. Turski putopisac Evlija Čelebi 125 godina kasnije piše kako je Sombor zauzeo na juriš hercegovački Pertev-paša.
Najstariji arhivski trag turskog boravka u Somboru predstavlja kratak popis vojnika somborske tvrđave, koji je nastao tokom poslednje četvrtine 1543. godine. U ovom popisu prvi put je u jednom zvaničnom dokumentu, ranije naselje Coborsentmihalj (koje je već od 1500. g. zapisano kao Combor grad Sv. Mihaila) zabeleženo sadašnjim imenom Sombor (سومبور). Osim sa oblikom Sombor, ime grada će, tokom dugog perioda osmanske uprave, u različitim turskim, srpskim i latinskim izvorima, biti beleženo i sa oblicima Sonbor (najčešće), Sunbor, Sambor, Zonbor i Zombor.
U popisu iz 1543. g. zabeležene su plate somborske turske vojne posade koja je brojala 51 vojnika i jednog imama, što bi ukazivalo i na postojanje manje islamske bogomolje (mesdžida) u tvrđavi. Komandant tvrđave bio je dizdar Husein, koji je primao dnevno 13 akči, njegov pomoćnik (ćehaja) bio je Turmus, sa dnevnim prihodom od deset akči, a imam (islamski sveštenik) bio je Husein Ali. Posadu su činila dva buljuka (desetine) mustahfiza (gradskih stražara), od kojih je prvom, sa devet vojnika, komandovao serbuljuk (desetar) Muhamed Turmus, sa primanjima od šest akči dnevno, a drugom, sa osam vojnika, serbuljuk Skender. U prvoj desetini među stražarima su zapisani Ahmed Bosna i Jusuf Herceg, što bi moglo da ukazuje na njihovo zavičajno poreklo (Bosna, odnosno Hercegovina). U sastavu somborske vojne posade postojala i jedna jedinica ulufedžija (konjanika), koji su spadali u sultanove trupe, kojom je komandovao aga Osman Mohamed, sa dnevnim primanjima od 15 akči, pod kojim su bili Hasan Abdulah, koji je zapovedao jedinicom od 11 konjanika, i Hasan Divane, koji je zapovedao jedinicom od devet konjanika. U tvrđavi se nalazilo i topovsko odeljenje, kojim je komandovao Jusuf, sa primanjima od šest akči dnevno, osim koga su u odeljenju bila još šestorica tobdžija, od kojih su četvorica imala hrišćanska imena (E… Petrik, Mihal Vuk, B… Radić i Radovan Radošak). Po imenima, među tobdžijama su većinom bili srpski najamnici u turskoj vojsci.
Uskoro će uz tvrđavu nići i kasaba, a Sombor će postati nahijsko središte velike somborske nahije u Segedinskom sandžaku, koja će brojati 109 naselja. Turski Sombor je u narednim decenijama dobio sva obeležja orijentalne arhitekture i islamske civilizacije, te je izrastao u značajno privredno, trgovačko, administrativno i vojničko središte tadašnje Bačke. U njemu su većinom živeli Turci (zapravo mahom islamizovani Srbi i Bošnjaci), ali je postojala i hrišćanska mahala u kojoj je živeo srpski živalj, a od početka 17. veka i bunjevački. U ostalim naseljima somborske nahije Srbi su bili izrazita većina ili jedino stanovništvo u 100 naselja, u dva naselja većinu su činili Turci, a u šest naselja većinsko stanovništvo su činili Šokci (doseljeni najčešće iz Bosne) izmešani sa manjim brojem preostalih delova nekada brojnog mađarskog stanovništva. Turska uprava u Somboru trajaće 146 godina, do početka septembra 1687. godine.
Milan Stepanović