Nastao na levoj obali nekadašnjeg toka Dunava, u neposrednoj blizini starog županijskog središta Bodroga, i Monoštor je jedno od naselja koja su starija od Sombora i njegove preteče Coborsenmihalja. Kontinuitet ljudskih staništa na mestu današnjeg Monoštora može da se prati od neolita do srednjeg veka, a naselje se, sa današnjim imenom, prvi put pominje u Bodroškoj županiji 1327. g. kao sedište parohije Sv. Petra, nazvane po istoimenom obližnjem manastiru prvo dominikanskog, a kasnije benediktanskog reda.
Monoštor je zabeležen više puta tokom 14, 15. i početkom 16. veka, kada je, na popisu iz 1522. godine, zapisan sa imenom Bodrogmonoštor i osam domaćina mađarske narodnosti. U vreme turske uprave pripadao je somborskoj nahiji, a 1570. g. u njemu je popisano devet šokačkih domaćinstava, koliko ih je i 1590. godine. Godine 1649. ovde je bilo 20 katoličkih kuća, koje su 1650. g. plaćale Kaločkoj nadbiskupiji godišnji porez u iznosu od deset forinti.
Posle turskog povlačenja Monoštor je zapisan kao komorsko selo, kraj koga je u julu 1697. g. logorovalo desno krilo carske armije Eugena Savojskog (138 pešadijskih kompanija), a 1699. g. ovde je živelo 36 domaćinstava. Na popisu iz 1715. g. Monoštor je imao samo deset kuća, 1720 – 31, 1725/26 – 55, a 1728. g. zapisano je 78, mahom šokačkih domova.
Među najstarijim monoštorskim porodicama, na prvim popisima, s početka 18. veka, zapisana su prezimena Balaž, Balić, Bešlin, Bošnjak, Čulić, Daražić, Doboš, Đipanov, Đukanov, Francuz, Ivkov, Jager, Jerković, Jozić, Karajkov, Keravin, Kolar, Kopčalin, Kovač, Lakatoš, Lipošev, Maljug, Marijanović, Marković, Milošev[ić], Mučalov, Nikolin, Opančar, Patarić, Pavošev, Pejak, Plavšin, Radičev, Šeremešić, Šimunov, Vakoš, Vidak, Vinkov i Žužić (neke porodice, osim ostalih Benić i Periškić, doseljene su nešto kasnije, krajem 18. veka, iz Koluta).
Prema podacima iz 1805. g. atar komorskog sela Monoštora prostirao se na 19.908 starih jutara (staro jutro je imalo 2.000 kv. hvati).
Monoštor je 1783. g. imao 2.403 stanovnika, 1860. g. 4.849, 1910. g. 5690, a 1931. g. 5.268. Prema popisu iz 2011. g. u selu je živelo 3.425 stanovnika.
Crkva je, na mestu starije, podignuta 1752. godine, kada je sa radom počela i katolička osnovna škola. Između 1793. i 1802. g. prokopan je Veliki bački kanal, koji je počinjao prevodnicom u Monoštoru (tek 60 godina kasnije kanal je pružen do Bezdana).
Imenom Bački Monoštor selo je zvanično nazvano posle Prvog svetskog rata, kada je pripalo novoj državi Kraljevini SHS. Danas je Monoštor u središtu rezervata prirode Gornje Podunavlje, sa izuzetnim turističkim potencijalom.
Milan Stepanović