Podunavsko selo Kupusina, zapadno od Sombora, postojalo je još u srednjem veku, sa imenom Heteš, a nalazilo se u Bodroškoj županiji. Najraniji zapis o ovom selu potiče iz 1297. godine. Početkom 15. veka (1413) selo Heteš bilo je u posedu mačvanskog bana i bodroškog župana Jovana Marotija.
Godine 1468. Heteš je postao posed porodice Cobor iz susednog naselja Coborsentmihalj (današnji Sombor), a 1481. g. oni su ga darovali dominikancima, za koje su u Coborsentmihalju sagradili crkvu i manastir. U selu, koje je tada već beleženo sa imenom Nađheteš (Veliki Heteš), svoju kuriju (plemićku kuću) imala je 1517. g. Felicija Pilsberger, rođ. Cobor, kojoj je selo tada i pripadalo. Na popisu iz 1522. g. zapisani su Našđheteš sa 44 i Kišheteš (Mali Heteš) sa 14 poreskih domova.
Na mesto raseljenog mađarskog življa u selo se, nakon turskih osvajanja, naseljevaju Srbi, pa je 1546/47. g. ovde zapisano pet srpskih domaćinstava. U turskom defteru iz 1570. g. selo Nađheteš zabeleženo je u Somborskoj nahiji sa 20 srpskih i dva turska domaćinstva (istovremeno je zapisan i Kišheteš, sa 10 srpskih domova), a već 1578. g. turski defter beleži da se ovo selo drugim imenom naziva Kupusina.
Kupusina je, posle povlačenja Turaka, zabeležena, početkom poslednje decenije 17. veka, kao komorska pustara, a na zbirnom popisu naselja Somborskog sreza iz 1699. g. zapisano je da ovde živi 15 domaćinstava. Popisi iz 1715. i 1720. g. u Kupusini beleže 18, odnosno 17 srpskih poreskih domaćinstava, na popisu iz 1725/26. g. ovde je zapisano 26, a 1752. g. 29 srpskih domova.
Od 1752. g. srpsko stanovništvo se raseljava, a u Kupusini počinje naseljavanje mađarskih i slovačkih porodica iz Njitranske i Heveške županije (ovdašnji Slovaci će brzo biti mađarizovani), kao i iz okoline Kaloče, pa je 1768. g. u selu zabeleženo 157 domaćinstava. Već 1754. g. u selu postoji rimokatolička crkva, a današnja crkva Sv. Ane podignuta je između 1808. i 1813. godine.
Atar Kupusine prostirao se 1805. g. na 9.534 požunska jutra. Godine 1834. ovdašnje zanatlije (ribari, mesari, krojači, kovači, kolari, stolari itd.) dobili su cehovske privilegije. Osim ribolovom i zanatima, stanovništvo se pretežno bavilo poljoprivredom i to uzgajanjem povrća, po čemu su Kupusinci ostali poznati do danas. Marvu i svinje, koje su Kupusinci uzgajali, napasali su na obližnjem potesu Kučka kraj Dunava. Nasip prema Dunavu, koji je često ugrožavao atar sela, podignut je 1842. godine, a na pravljenju nasipa radilo je 12 hiljada radnika i dve hiljade zaprega.
Prema podacima popisa, 1787. g. u Kupusini je zabeleženo 206 kuća i 1.355 stanovnika. Godine 1828. g. ovde su 332 kuće i 2.572 stanovnika, a 1900. g. 692 kuće i 3.202 stanovnika (99,50% Mađara). U drugoj polovini 19. veka selo je administrativno pripalo Apatinskom srezu, a i danas je deo apatinske opštine. Početkom oktobra 1890. godine veliki požar je uništio znatan deo Kupusine i tada je potpuno izgorelo 360 kuća. železnička pruga prošla je kroz selo 1912. godine.
Početkom 20. veka ime sela promenjeno je u Bačkerteš (Bacskértes), a staro ime vraćeno je posle Prvog svetskog rata, kada je Kupusina pripala Kraljevini SHS. Prema popisu iz 1931. g. u Kupusini je živelo 2.933 stanovnika. Između dva svetska rata u Kupusini je 1935. g. osnovana poljoprivredna zadruga „Pčela“.
Posle Drugog svetskog rata talas kolonizacije zaobišao je ovo selo. Šezdesetih godina 20. veka u ataru sela je, mahom nekadašnjim koritom starog toka Dunava, prokopan kanal Dunav – Tisa – Dunav.
Posleratni popisi sela beleže: 1948 – 3.200 stanovnika; 1961 – 3.133; 1971 – 3.063; 1981 – 2.694; 1991 – 2.500; 2002 – 2.356 stanovnika, 2011 – 1.921 žitelj, a prema podacima poslednjeg popisa iz 2022. g. u Kupusini je živelo još svega 1.347 stanovnika.
M.S.