Pojava kuge 1738/39. g. bila je poslednja velika epidemija ove bolesti na prostoru Bačke. Prvo upozorenje na moguću zarazu, koja je već vladala u Erdelju i okolnim županijama, dostavilo je Bačkoj županiji Ugarsko namesničko veće, 31. decembra 1737. godine, sa preporukama o preduzimanju preventivnih mera zaštite i suzbijanju bolesti (uvođenje propusnica i karantina, podizanje bolnica, zabrana održavanja godišnjih vašara, stočnih pijaca, skitnje i prosjačenja, čišćenje odeće i robe, i slično). Uprkos preduzetim merama, zaraza je prešla Tisu, a najraniji izveštaj o tome dostavio je polovinom 1738. g. komandant segedinske tvrđave, pa je car Karlo VI izdao stroga naređenja kako bi se sprečilo širenje bolesti preko Tise i Dunava.
Najraniji slučajevi kuge, koja je u Bačku županiju preneta iz Banata, zabeleženi su početkom jula iste godine. U izveštaju sakupljača maltarine (mostarine) Johana Ratmahera u Osijeku, napisanom 3. jula, navedeno je kako putnici već govore o pojavi kuge u Somboru, Parabuću i Bečeju. Taj podatak, barem kada je o Somboru reč, nije bio tačan jer je 28. jula 1738. g. ovde zasedala generalna skupština Bačke županije, koja sigurno ne bi bila održana u naselju u kome već vlada kuga, a na čijem je zasedanju upravo i bilo reči o njenom suzbijanju na teritoriji županije. Kuga je, ipak, stigla u susedstvo Sombora do početka avgusta, kada su već bila zaražena sela Pivnice i Parabuć, te su ova naselja odvojena sanitarnim vojnim kordonom od okoline, a zabranjena je i svaka dalja trgovina na prostoru Bačke županije. Već 12. avgusta bio je zabranjen prelaz preko Dunava, iz Bačke u Baranju, Slavoniju i Srem, a svi zatečeni putnici sa teritorije Bačke županije zadržavani su 42 dana u karantinima. U oktobru je kuga zahvatila Beograd i Karlovce, a te jeseni javila se i u Somboru.
Zapis o epidemiji kuge u gradu sačuvan je u hronici somborske franjevačke rezidencije (kasnije samostana). Hroničar beleži da je kugu u Sombor doneo zaražen grčki trgovac, koji je odseo u jednoj od gradskih gostionica, i koji je, već prve noći kada je stigao, zarazio gostioničara sa celom porodicom, pa su narednog dana svi pronađeni u besvesnom stanju. Okupljeni susedi preneli su zarazu dalje, po čitavom gradu, posle čega je bio zabranjen međusobni dodir stanovnika. Sve to nije sprečilo brzo širenje zaraze, pa hroničar beleži kako o tom žalosnom i jadnom stanju grada niko ne bi mogao bez suza ispričati sve nedaće, plač i jad. Dovoljno je toliko reći da je kuga duže potrajala ni bi ostao ni jedan čovek koji bi mrtve sahranio. To dokazuju četiri zarazna groblja na četiri strane ovog grada jer jedno ne bi bilo dovoljno. Smrtnost obolelih iznosila je oko 60%, a većina bolesnika umirala je u roku od dva dana nakon pojave simptoma. Zaraza se širila prenošenjem s čoveka na čoveka, inhalacijom kapljica koje bi bolesnik iskašljao.
Somborski franjevci nisu stizali da umrle od kuge zabeleže u crkvene protokole (pravoslavni protokoli još nisu bili ustanovljeni), a sudeći prema dvomesečnom prekidu unosa podataka u protokole umrlih franjevačke rezidencije, prvi talas epidemije kuge dogodio se u Somboru između polovine septembra i polovine novembra 1738. godine, a drugi polovinom januara 1739. godine. Malobrojni somborski franjevci, ne mareći za sopstvenu sigurnost, obilazili su zaražene i delili sakramente umirućim bolesnicima. Na taj način zarazio se i otac Dominik Zombori, starešina somborske franjevačke rezidencije, koji je umro 20. januara 1739. g. (još 15. januara delio je sakramente bolesnicima), a sahranjen je u zajedničkoj grobnici, izvan katoličkog groblja, iza kapelice Sv. Križa (prema predanju, preminuli od kuge sahranjivani su na četiri mesta, u zajedničke grobnice). Prema izveštaju doktora Franciska Herca, koji je skupština Bačke županije 19. januara 1739. g. prosledila Ugarskom namesničkom veću, epidemija kuge je, osim u Somboru i selu Dautovu, na teritoriji županije prestala ili je primetno popustila.
Zaraza je u Bačkoj posustala početkom marta 1739. g. i više nisu prijavljivani novi slučajevi okuženih, a car Karlo VI tražio je izveštaj od županije o tome u kakvom se zdravstvenom stanju nalaze vojnički šančevi, kako bi odlučio o molbama stanovništva županije za ponovnim otvaranjem puteva. Zbog zaraze i opšteg teškog materijalnog stanja u kome se, usled rata, nalazila Bačka županija, u martu 1739. g. naređeno je deložiranje vojnih jedinica smeštenih na prostoru županije. Krajem aprila 1739. g. neka županijska dokumenta ponovo su datirana u Somboru, pa izgleda da zaraze u gradu tada više nije bilo.
Polovinom maja 1739. g. Ugarsko namesničko veće zaključilo je da je zaraza kuge na prostoru Bačke županije završena, te su ponovo dozvoljeni slobodan promet i trgovina. Ipak, kako bi gornji krajevi Ugarske bili zaštićeni od kuge, Namesničko veće naredilo je Bačkoj županiji da, radi slanja vojnih akata i druge prepiske, primi u službu četiri posebna kurira, od kojih bi se dva nalazila u Somboru, te da im ovde obezbedi besplatan smeštaj.
Tokom leta 1739. g. u Somboru je uspostavljen karantin za sve na koje se sumnjalo da bi mogli da budu okuženi, ili za one koji su se tek oporavljali od preležane bolesti. Pojedini slučajevi bolesti opet se javljaju krajem 1739. godine, pa je somborski graničarski kapetan Marko Marković, u novembru te godine, izvestio nadležne vojne vlasti u Beču da u Somboru još ima kuge, ali izvan šanca (verovatno u predgrađima ili po okolnim salašima). U to vreme preminuli su od kuge i roditelji tadašnjeg somborskog prote Veselina Beljanskog. U martu 1740. g. kuge je u Bačkoj bilo još samo u Futogu i Despot Sentivanu. Ipak, već tog leta, u julu 1740. godine, kuga se ponovo javlja u Segedinu, pa su preuzete mere predostrožnosti (prekid saboraćaja i opkoljacanje sanitarnim kordonom), ali ubrzo zatim bili su zaraženi Subotica, Bečej, Vrbas i Petrovo Selo. U novembru je zaraze bilo i u Sentomašu, a posle dužeg zatišja, kuga se, u manjem obimu, još jednom pojavila i u Somboru, u decembru 1740. godine, kada su umrla dva lica, posle čega je somborski kapetan Marko Marković predložio Ratnom savetu da husari Splenjijeve regimente, koji su se ovde nalazili na zimskom smeštaju, budu preseljeni na subotičke salaše. Zbog ponovne pojave kuge Dvor je polovinom decembra 1740. g. naredio da se sanitarni kordon u Bačkoj županiji još ne raspušta. Nakon toga, kuga na ovom prostoru više nije zabeležena.
O kugi u Somboru ostao je i zapisan trag u spevu „Kripost posli smrti živi, pivaoc putnik somborski putujući pripiva“, nastalom pola veka docnije iz pera somborskog franjevca Bone Mihaljevića, koji, veličajući zasluge svog crkvenog reda, piše:
Posli toga bolest teška dođe,
Kako vatra u Sombor uniđe
Kada kuga poče sve moriti,
Niti komu hote oprostiti
Već otrova staro i još mlado
Da ostane srce svakom ladno.
Šta je plača a i suza bilo!
Kad je kuga morila nemilo.
Sad mi kaži moj Somboru ravno
Kako tebi jest poznato davno.
Koji u tebi pastiri biše
Kad kod stada toga virno bdiše.
Koji mrtve tvoje pokopaše
A kužnike gorko oplakaše?
Ti bijahu oci Franceškani
Od svih ljudi mnogo poštovani.
Oni tebe vrlo milovaše,
Nit u tugi tebe ostaviše,
Nit u kugi, niti za Turčina
Sviju gori rečenih godina…
Milan Stepanović
[Iz II knjige “Sombor – od nastanka do elibertacije” Milana Stepanovića]
